Emmessís var formlega stofnað þann 12. maí árið 1960 sem ísgerð mjólkursamsölunnar og var þá staðsett í Mjólkurstöðinni við Laugaveg. Frá því um miðja seinni heimsstyrjöldina höfðu menn innan mjólkursamsölunnar haft hug á því að flytja inn vélar til ísgerðar, en á þessum árum voru innflutningshöft mikil og leyfi til þessa innflutnings fékkst ekki fyrr en árið 1959 og hófst framleiðslan árið eftir.

Við stofnun fyrirtækisins var á boðstólnum vanillu-, nougat-, og jarðarberjarjómaís í nokkrum stærðum, súkkulaðiíspinnar með nougat auk ísblöndu fyrir þá staði sem að höfðu ísvélar til umráða. Í gegnum árin hefur vöruúrvalið aukist jafnt og þétt og er svo komið í dag að vörutegundirnar eru um 150 talsins auk allra stuðningsvara sem að einnig eru seldar.

Þann 17. júní árið 1968 kom hnetutoppurinn fyrst á markað og varð hann um leið vinsæll líkt og hann hefur verið allar götur síðan.

Frá 2007 hefur Emmessís verið rekið í einkaeigu.